จากปัญหาความขัดแย้งในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ทำให้รัฐบาลในปี พ.ศ.2524 วิเคราะห์ว่า ในการแก้ปัญหาจะต้องใช้การพัฒนานำด้านความมั่นคง จึงได้จัดตั้งศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) ขึ้น และมีการปรับเปลี่ยนตามสถานการณ์ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2549 สถานการณ์ความรุนแรงในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ยังคงเกิดขึ้นและดำเนินการอย่างต่อเนื่อง จึงได้มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 207/2549 ในรัฐบาลของ พลเอก สุรยุทธ จุลานนท์ จัดตั้งหน่วยงาน ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ขึ้นอีกครั้ง และได้แต่งตั้งให้ นายพระนาย สุวรรณรัฐ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ปัจจุบันดำเนินการพัฒนาและแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้สนองตอบนโยบายความมั่นคงแห่งชาติ มี พันตำรวจโท วรรณพงษ์ คชรักษ์ ดำรงตำแหน่งเป็นเลขาธิการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้
ทั้งนี้ วันที่ (20 มกราคม 2568) เวลา 10.00 น. ที่ห้องประชุมน้อมเกล้า ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตำบลสะเตง อำเภอเมือง จังหวัดยะลา พลตรี วรเดช เดชรักษา รองแม่ทัพภาคที่ 4 / รองผู้อำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 ส่วนหน้า ร่วมพิธีสงฆ์วันคล้ายวันสถาปนา ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ครบรอบปีที่ 44 โดยมี พันตำรวจโท วรรณพงษ์ คชรักษ์ เลขาธิการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นประธาน พร้อมผู้บริหารศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้, หัวหน้าส่วนราชการ, ข้าราชการ, พนักงานราชการ ตลอดจนเจ้าหน้าที่ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เข้าร่วม นอกจากนี้ กิจกรรมดังกล่าว ยังได้มีการมอบประกาศเกียรติบัตรและเข็มที่ระลึกแก่ ”บุคคลดีเด่น ศอ.บต. (The Best Of SBPAC 2025) ประจำปี 2568“ จำนวน 26 คน
สำหรับศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) เป็นหน่วยงานอำนวยการระดับพื้นที่ ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี ทำหน้าที่หลักด้านการพัฒนาเศรษฐกิจสังคม การเสริมสร้างความเข้าใจอันดี และความร่วมมือในระดับท้องถิ่นกับประเทศเพื่อนบ้าน รวมทั้งการประสานการปฏิบัติงานภาคส่วนต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ให้สอดคล้องกับความต้องการและอัตลักษณ์ของคนในพื้นที่
